Outils, logiciels et utilitaires

Merci à tous d'indiquer ici les outils logiciels qui pouraient être utiles pour nos recherche.

  • Sphinx
  • Alceste
      • LaTeXit (pour une belle publication finale).
      • Chloé : je cherche à installer la fonctionnalité suivante : “marquer” des termes ou phrases dans mes pages pour pouvoir aller les chercher. Par exemple tagger “question de méthodo”, puis faire ressortir toutes les questions de méthodo qui émaillent mon texte. Quelqu'un saurait faire ça dans Dokuxiki ? Je misais sur Structured Data Plugin mais soit ça n'est pas le bon soit c'est parce que je n'en comprends pas le fonctionnement.

Doc officielle (en anglais) : https://flight-manual.atom.io/

Atom.io est un éditeur de code et de texte, tout ce qu'il y a de plus classique. Mais avec quelques plugins, il permet d'obtenir un environnement d'écriture très optimal. Il est par ailleurs très simple d'utilisation, tant pour l'accès aux différentes commandes que pour l'ajout et la configuration des plugins.

Dans la chaine d'écriture présentée, on utilise le format Markdown comme format pivot. Markdown fonctionne sur une syntaxe simplifiée, lisible, limitée à ce qui est nécessaire pour un travail d'écriture de type scientifique. Le texte balisé reste tout à fait lisible. Il peut être converti très facilement en différents formats, dont le html. C'est le langage que vous commencez à trouver sur la plupart des plateformes web. Markdown dérive des syntaxes utilisées sur les wiki, mais en facilite encore l'édition, tout en étant beaucoup mieux intégré dans les éditeurs de texte, y compris éditeur web.

L'intérêt est que le travail d'édition est réduit à l'extrême, permettant de se focaliser sur le texte, la rédaction, la pensée.

Premier plugin : **Atom-Notes**

C'est un outil de prise et d'organisation de notes, utilisant le langage Markdown. Atom-Notes est basé sur Notational Velocity qui a longtemps fait ses preuves. Son intérêt est de faciliter l'usage des inter-liens (liens de notes à notes) et ainsi de structurer rapidement ses notes, mais aussi de pouvoir ouvrir en cascade des notes selon les besoins, les idées. Associé au markdown (décharge cognitive de l'édition), Atom-notes permet un raccourci entre l'organisation de la pensée et la production du texte.

Un équivalent plus grand public serait Evernote, sauf que l'environnement Atom nous permet de garder la maîtrise de ce qui est produit : une série de fichiers en .md, rapidement convertible vers tous les formats dont vous avez besoin : .odt, .docx, .html, .pdf, .epub, etc. Atom-Notes est donc optimal aussi bien pour poser 3 idées sur un coin de table que pour rédiger un article scientifique, avec tout l'appareil de notes et de bibliographie (voir ci-dessous). Là où Word n'est optimal ni pour l'un, ni pour l'autre.

Pandoc, un couteau suisse de l'édition

La transformation du markdown en d'autres formats se fait grâce à l'outil Pandoc, souvent présenté comme le couteau suisse par excellence en matière de création de document. Pandoc peut être utilisé soit en ligne de commande, soit depuis Atom via un plugin dédié. Avec ce dernier, on produit les html, les odt, les pdf et autre avec un simple clic sans sortir de l'environnement Atom.

L'utilisation de Pandoc en ligne de commande permet par contre de préciser un certain nombre d'options, comme par exemple la prise en compte d'une bibliographie, d'un template odt, word, pdf pour configurer la conversion. Très utile par exemple lorsqu'une revue fournit une feuille de style word à respecter pour soumettre son article.

Tout ceci très est bien documenté dans le très complet manuel de Pandoc.

Rédaction d'un article scientifique.

Ce qui va différencier un article scientifique d'une note, ce sont les métadonnées associées, l'appareil critique, et l'appareil bibliographique. Ici, le couple Atom/markdown + pandoc se révèle excellent car il est possible de générer un article correctement formaté (dans tous les formats), respectant une édition professionnelle. Au moment de produire l'article en pdf ou odt (ou autre), Pandoc va articuler 3 fichiers ensemble :

- le corps du texte, au format .md - la bibliographie, au format .bib - les métadonnées (si nécessaire), au format .yaml

Il est possible de tout rentrer dans un même fichier .md, mais la bonne pratique est plutôt de séparer ces trois types de contenu, de manière à distinguer les traitements. Le .bib est ainsi automatiquement généré à partir de Zotero ou de tout autre logiciel de gestion de bibliographie. Le yaml est une syntaxe très simple. Il n'est pas strictement nécessaire, mais se révèle très intéressant pour aller un peu plus loin dans la production de ses documents.

Le lien entre le corps du texte et la bibliographie se fait à partir de “clé” bibliographique permettant de rapidement citer une source. Ici, le plugin autocomplete-bibtex est extrêmement utile lors de la rédaction, car il permet de sélectionner dans un menu déroulant la clé bibliographique correspondant à ce qu'on est en train de taper. Si j'écris par exemple @car, le plugin va immédiatement me proposer les références correspondantes (un auteur commençant par “Car” ou même un titre comprenant la chaine “car”) parmi la bibliographie que j'aurais préparé en amont. Le résultat sera multiple :

- une citation correctement formatée dans le corps de mon article - une ligne de bibliographie automatiquement ajoutée (au bon format, au bon endroit) à la bibliographie en fin de document - un lien interne entre les deux

Plus besoin de s'occuper de fournir une biblio exhaustive, plus besoin de passer des heures à la formater, ou à la copier-coller d'anciennes publications. Tout se fait automatiquement et proprement.

Cette chaîne est notamment utilisée par la revue Sens Public qui a documenté son fonctionnement et son protocole éditorial sur ce répertoire Github.

Quelques plugins pour optimiser son environnement

- Atom-Notes : voir ci-dessus - Markdown writer : permet d'intégrer tous les raccourcis qu'on connaît bien sur d'autres outils : gras, italic, liste, lien url, titre1, titre2, etc., mais aussi de naviguer d'un titre à l'autre (très utile sur de longs textes). - Autocomplete-bibtex : permet de retrouver à la volée ses références bibliographiques - Markdown Preview : permet de visualiser côte-à-côte et en temps réel une version html du document md - Pandoc Convert : permet de procéder à des conversions “par défaut” de ses documents - Spell-check-test : intègre un correcteur orthographique en français (le correcteur par défaut sur atom est en anglais) - Zen : permet de simplifier l'affichage d'Atom au seul texte en cours de rédaction. Très utile pour se débarrasser de toute élément de distraction..

Publier en ligne

Pour publier en ligne, Atom permet de convertir les notes en Markdown en .html. Il permet également une pré-visualisation en ligne d'un aperçu de la page web, grâce à une transformation à la volée.

Pour publier en ligne, une méthode (un peu plus experte) est d'envoyer le fichier vers Github qui se charge de la publication en ligne grâce à Jekyll.

Travail collaboratif

Atom produit des fichiers. Donc toute synchronisation via Owncloud ou Dropbox est évidemment possible. Si un fichier ouvert est modifié par quelqu'un d'autre, Atom met à jour le document automatiquement. Par contre, attention au conflit, ce n'est pas non plus un etherpad. Selon les projets et les besoins, on peut aussi synchroniser son travail via Github ou Gitlab. Mais c'est un autre sujet.

Tag : Il est également possible de tager une phrase et ainsi de travailler autour d'un balisage sémantique à l'intérieur du texte.

  • Atom.io pour écrire + package nvatom pour gérer des notes et liens inter-notes. J'écris tout en markdown, ce qui est hyper commode pour publier vers html, vers odt ou même directement vers pdf (et vers DokuWiki ;p ). Mes notes sont en local sur ma machine, ce qui est important pour moi, mais toutes synchronisées sur un owncloud. Je peux donc les partager indépendamment avec telle ou telle personne.
  • Citavi idem que Zotero et Mendeley (voir ci-dessous) avec en plus une gestion des connaissances.
  • Jekyll.io pour publier des carnets de recherche/blogs. Jekyll publie nativement du markdown, ca me permet de “pousser” très facilement mes notes vers mon site.
  • Github pour versionner et héberger ces carnets
  • Zotero ou Mendeley pour collectionner des ressources, les annoter, faire des fiches, générer des biblio. Une extension me permet d'envoyer les pdf liés vers une tablette, de les surligner/annoter sur la tablette (pratique dans les transports) puis de récupérer automatiquement mes annotations/surlignages dans une fiche.